L’association est administrée par un bureau comportant : un président, un secrétaire, un trésorier, cinq membres, le past-président, le président de la sous-section du CNU d’Ophtalmologie. Le président de la sous-section du CNU d’Ophtalmologie (55-02) est membre de droit, de même que le past-président. Les autres membres du bureau, sont élus lors d’une Assemblée Générale par l’ensemble des membres présents du Collège et des membres ayant donné procuration écrite. Il s’agit d’un scrutin de liste de type majoritaire avec une tête de liste clairement identifiée qui, si la liste est élue, deviendra président du Collège. Chaque liste comportera préférentiellement un représentant de chaque inter-région. Un des membres du bureau peut être désigné Vice-Président par le bureau. Les membres du bureau sont élus pour une durée de 4 ans. Ils sont rééligibles. Tout membre du bureau ne pouvant achever son mandat est remplacé pour la durée restant à courir par un membre du Collège présenté par le Bureau et élu par les membres du Collège lors d’une Assemblée Générale. Le Président est obligatoirement un Professeur d’Ophtalmologie. Le Secrétaire et le Trésorier sont élus par les membres du bureau. Le mandat du Past-Président est d’une durée de quatre ans après sa nomination.

Le COUF réunit en son sein une commission « Pédagogie de l’enseignement d’Orthoptie » dédiée aux enseignants d’Orthoptie. Elle a pour objectif de faire des propositions pédagogiques visant à améliorer l’enseignement et la recherche en Orthoptie, de proposer des projets en accord avec le programme au sein de la discipline et d’assurer la liaison entre les Ophtalmologistes universitaires et Orthoptistes. Cette commission comprend le Président et le Vice-Président du COUF, assistés de trois Ophtalmologistes hospitalo-universitaires Directeurs de Départements d’Orthoptie, et de trois Orthoptistes responsables pédagogiques de Département Universitaire d’Orthoptie, qui n’ont pour autant pas droit de vote dans les décisions du COUF. Ces membres sont nommés sur proposition du COUF. Cette commission peut travailler avec des invités extérieurs. La commission se réunit au moins une fois par an. Les décisions prises par la commission doivent être approuvées par le bureau du COUF avant d’être mises en place. La commission est renouvelée à chaque éléction du bureau du COUF.